MUSSEL-KER : Une plateforme multi-omique pour le suivi l’étude des écosystèmes marins côtiers de Kerguelen

Il est maintenant bien établi que les changements climatiques combinés à la pollution entraînent de profondes modifications sur les écosystèmes marins côtiers et l’état de santé des populations qu’on y retrouvent. Ces répercussions sont particulièrement accentuées dans les milieux polaires. Ces effets impactent sur la biodiversité, l’abondance et la répartition géographique des populations d’espèces marines intertidales. C’est notamment le cas chez les espèces sentinelles comme la moule bleue (Mytilus spp.) connue pour jouer un rôle central dans le maintien de la biodiversité des zones intertidales. Malgré tout, nos connaissances sur l’impact de ces stress environnementaux sur la biodiversité des écosystèmes marins demeurent fragmentaires. Dans les milieux comme Kerguelen, cette problématique est amplifiée par les conditions difficiles et les coûts élevés associés aux logistiques d’échantillonnage. Afin de surmonter ces obstacles et en s’appuyant sur les résultats de nos campagnes précédentes, nous proposons de combiner les avancées récentes dans le domaine biomédical et les approches standards de taxonomie afin d’établir une nouvelle plateforme d’échantillonnage qui exploite le concept de biopsies liquides prélevées chez la moule afin de faciliter le monitoring de l’état de santé des écosystèmes côtiers de Kerguelen. Plus spécifiquement, nous proposons d’utiliser une nouvelle technologie de séquençage à haut débit de l’ADN libre circulant dans l’hémolymphe de moules afin de caractériser les microbiomes bactériens et viraux et la biodiversité des écosystèmes marins côtiers. Nous porterons une attention particulière aux bactéries et virus pathogènes que l’on retrouve dans les régions densément peuplées, notamment les écosystèmes du bassin méditerranéen, de l’Atlantique et du Pacifique. Nous évaluerons quels sont les caractéristiques physico-chimiques des écosystèmes qui influent sur ces microbiomes et la diversité de l’écosystème. L’approche de séquençage à haut débit nous permettra également d’identifier de rares et nouvelles espèces de bactéries, virus et organismes marins non-répertoriés jusqu’à maintenant à Kerguelen. À long terme, ce projet permettra de développer de nouveaux outils pour le suivi de l’état de santé des écosystèmes marins de Kerguelen face aux changements climatiques.